Актуальность исследования обусловлена необходимостью выявления новых диагностических признаков в структурах родственных ископаемых и современных растений. Молекулярная палеонтология как самостоятельное направление хорошо себя зарекомендовало в части изучения ископаемых представителей растительного и животного мира. Цель. Изучение фитолейм и гербариев проводилось по ИК-спектрам диффузного отражения и по результатам их обработки IT-программой ASPECT, которая является частью методологии структурно-кластерного анализа углефицированных веществ. Такой подход позволяет получать результаты количества структурообразующих кластеров, состоящих из элементов C, N, H, O, и количественный состав функциональных групп C-C, C-N, C-H, C-O, N-H, N-O в образце вещества. Объекты. Образцы современных и средне-позднеюрских мхов, хвощей, папоротников и гинкгоопсид. Методы. Морфологический, эпидермально-кутикулярный, ИК-спектрометрический. Результаты и выводы. За счёт части связей C-N и C-O происходит рекомбинация мхов, хвощей, папоротников и гинкгоопсид в связи C-H, N-H, N-O. Отмечается молекулярное отличие листа от стебля хвоща и папоротника. В хвощовых растениях отличительным признаком служит количество функциональных структурных единиц vССN и vОCO, а в папоротниках основными признаками являются кластеры vCС и δNH, и эта структурная особенность может служить диагностическим критерием в молекулярной палеоботанике. Сравнительный анализ угля и фитолеймы хвоща Equisetites sp. из скважин на площади Снежная в Томской области показал, что структура углефицированного вещества захороненных хвощей в нижележащих осадках по количеству связей C-C, C-N, C-O, N-H не отличается от структуры углей, концентрированных выше в виде тонкого прослоя. Это может свидетельствовать о том, что этот уголь образован остатками хвощей. Признаком различия могут быть только CH-связи, которых в угле количественно меньше.