Описаны уровни интеграции вузов в инновационную экономику: государственный уровень, российский бизнес, региональный бизнес и мировая экономика, выявлены их позитивные и негативные стороны. Установлено, что основным источником роста финансирования томских вузов в 2008-2010 гг. стало государственное финансирование научной деятельности. Доля финансирования со стороны томских предприятий существенно снизилась. Сравнение с другими регионами России и регионами Сибирского федерального округа показало, что томские вузы обеспечили хорошие результаты развития НИР. Однако отношение объемов финансирования НИР томских вузов к объемам промышленного производства региона остается низким и основной эффект томская экономика сможет получить только при решении проблемы налаживания эффективного взаимодействия вузов и промышленных предприятий региона.