Актуальность: обеспечение развития регионов страны на принципах эколого-экономической сбалансированности с учетом национальных целей развития России до 2030 г. В данной работе моделируется взаимосвязь между экономическим развитием и экологическим прогрессом. Исследуется взаимосвязь между инвестициями в инновации и неконтролируемыми выбросами в отдельных регионах России в период с 2010 по 2022 гг.  Цель: изучение влияния интенсивности инноваций на экологический след, а также эффективности функционирования эколого-инновационной деятельности, в регионах разного типа на примере Сибирского Федерального округа и Приволжского Федерального округа. Методы: панельная регрессия с фиксированными эффектами, корреляционный анализ, метод DEA, кластерный анализ, дисперсионный анализ. Результаты и выводы. На примере 24 российских регионов показано, что рост интенсивности исследований и разработок региональных компаний не везде приводит к увеличению экологического следа и росту интенсивности выбросов. Полученные результаты свидетельствуют о том, что экономические и экологические аспекты устойчивого развития противоречат друг другу и указывают на то, что региональные органы власти должны учитывать негативные экологические экстерналии экономического развития при разработке политики, направленной на содействие региональному росту. Отмечается, что рост вложений в исследования и разработки более развитых регионов снижает степень интенсивности выбросов, в то время как крупные промышленные центры Сибири и регионов Поволжья вложениями в инновации способствуют усилению интенсивности выбросов. Подтверждается гипотеза о высокой степени неоднородности экономического пространства по уровню влияния интенсивности исследований и разработок региональных компаний на степень загрязнения окружающей среды в регионах РФ, и подчеркивается необходимость учитывать региональную специфику промышленной структуры экономики. Выявлена высоко значимая неоднородность эффективности функционирования эколого-инновационной деятельности регионов Сибирского Федерального округа и Приволжского Федерального округа. Причем эффективность эколого-инновационной деятельности регионов незначимо коррелирует с выявленным дисбалансом этой деятельности.