Актуальность определяется важной комплексной ролью болот в формировании экологического состояния регионов Западной Сибири, включая вопросы взаимодействия подземных, речных и болотных вод. Цель: исследование гидрогеологических и гидрологических условий функционирования низинных Обского и Баксинского болот на юго-востоке Западно-Сибирской равнины. Основные задачи: 1) оценка элементов водного баланса болот; 2) оценка и анализ взаимодействия болотных, речных и подземных вод. Методы: статистический анализ, математическое моделирование гидрогеологических и гидрологических процессов. Результаты и выводы. Выполнена количественная оценка элементов водного баланса Баксинского и Обского болот и их водосборов за 1966–2019 гг. (юго-восточная часть Западно-Сибирской равнины на участках сочленения с палеозойским обрамлением). Определено внутригодовое распределение инфильтрационного питания палеоген-четвертичных отложений в междуречье рек Обь и Шегарка. Показано, что при заболачивании с преимущественным распространением низинных болот происходит уменьшение испарения с поверхности и увеличение слоя водного стока. Это приводит к дополнительному заболачиванию территории. Установлено, что взаимодействие поверхностных и подземных вод с разной степенью интенсивности в основном ограничено глубинами 110–120 м. Влияние болотных вод на подземные воды наиболее вероятно в летне-осенний период. В это время возможен переток болотных вод в подземные горизонты на участках 800–900 м, а также увеличивается инфильтрационное питание. Влияние болотных вод достигает максимумов на спаде высоких половодий, когда происходит сброс водных масс с заболоченной поймы в речное русло.