Актуальность определяется наличием нерешенных вопросов оценки состояния водных объектов, их долгосрочного прогноза, нормирования антропогенных воздействий, очистки сточных вод и рекультивации водных объектов в Западной Сибири. Цель: разработка методологии управления геохимическим балансом водных экосистем Западной Сибири в различных природных и антропогенных условиях. Методы: ландшафтно-геохимический, географо-гидрологический, статистические методы, методы математического моделирования водного стока и химического состава вод. Результаты и выводы. Предложена методология управления геохимическим балансом водосборной территории, заключающаяся в: 1) оценке состояния водных объектов, тенденций его изменения и антропогенного влияния; 2) построении комплекса математических моделей, описывающих формирование водного стока и химического состава вод; 3) разработке мероприятий, позволяющих минимизировать антропогенное влияние на водные объекты; 4) оценке эффективности водоохранных мероприятий путем сравнения результатов наблюдений и моделирования. Разработан алгоритм определения элементов геохимического баланса водосборов. Охарактеризована направленность геохимических процессов в водных объектах Западной Сибири. Сформулированы ключевые аспекты выбора методов очистки сточных вод и рекультивации нарушенных земель. Показано, что строительство очистных сооружений целесообразно, если сброс неочищенных сточных вод составляет более 5% от стока в замыкающем створе. Оптимальная структура очистки сточных вод предполагает широкое использование отстойников и сооружений биологической очистки с естественной аэрацией, которые рекомендуется совместить с естественными понижениями рельефа в долинах рек или внутри болот при условии инженерной защиты территории. Рекультивация может считаться эффективной, если разница между значениями элементов баланса до нарушения и после рекультивации не превышает 20 %.